Kế toán doanh nghiệp FDI: 5 lưu ý quan trọng để kiểm soát rủi ro 

Doanh nghiệp FDI tại Việt Nam không chỉ cần tổ chức công tác kế toán để ghi nhận doanh thu, chi phí và lập báo cáo tài chính. Trong thực tế, hệ thống kế toán còn phải cung cấp dữ liệu cho kê khai thuế, báo cáo đầu tư, giao dịch với công ty mẹ/bên liên kết, kiểm toán và báo cáo quản trị tập đoàn.

Đặc biệt từ năm 2026, doanh nghiệp cần lưu ý các thay đổi trong khung pháp lý. Thông tư 99/2025/TT-BTC về chế độ kế toán doanh nghiệp có hiệu lực từ ngày 01/01/2026 và thay thế Thông tư 200/2014/TT-BTC đối với các năm tài chính thuộc phạm vi áp dụng. Đồng thời, Luật Đầu Tư 2025 và Nghị định 96/2026/NĐ-CP cũng đặt ra yêu cầu mới về chế độ báo cáo hoạt động đầu tư. 

Vì vậy, thay vì chỉ tập trung vào việc “ghi sổ và kê khai thuế”, kế toán doanh nghiệp FDI nên được tổ chức theo một hệ thống kiểm soát xuyên suốt từ Kiểm soát tính hợp lệ của giao dịch → Kế toán và ghi sổ→ Kê Khai Thuế → Lập Báo cáo định kỳ → Quyết toán và Báo cáo tài chính. 

Bài viết tổng hợp 5 lưu ý kế toán quan trọng mà doanh nghiệp FDI cần kiểm soát để hạn chế sai sót, đảm bảo tuân thủ quy định tại Việt Nam và duy trì tính nhất quán giữa hồ sơ kế toán, thuế, báo cáo tài chính. 

Doanh nghiệp FDI và doanh nghiệp Việt Nam có gì khác biệt? 

Doanh nghiệp FDI là gì? 

Doanh nghiệp FDI (Foreign Direct Investment) là doanh nghiệp có vốn đầu tư trực tiếp từ nhà đầu tư nước ngoài. Trong thực tế, mô hình có thể bao gồm doanh nghiệp 100% vốn nước ngoài, doanh nghiệp liên doanh hoặc tổ chức kinh tế được thành lập và hoạt động gắn với dự án đầu tư tại Việt Nam. 

Tuy nhiên, khi nói đến kế toán doanh nghiệp FDI, không nên hiểu rằng mọi doanh nghiệp có vốn nước ngoài đều có một bộ nghĩa vụ kế toán hoàn toàn giống nhau. 

Nghĩa vụ thực tế còn phụ thuộc vào: 

• Cơ cấu sở hữu và mô hình hoạt động. 

• Ngành nghề kinh doanh. 

• Dự án đầu tư. 

• Quan hệ với công ty mẹ và các bên liên kết. 

• Các quy định thuế và chuyên ngành áp dụng. 

Điểm đáng chú ý là Thông tư 99/2025/TT-BTC hiện là khung hướng dẫn quan trọng về chứng từ kế toán, tài khoản, sổ kế toán và lập, trình bày báo cáo tài chính đối với doanh nghiệp thuộc phạm vi áp dụng và có hiệu lực từ 01/01/2026. 

So sánh kế toán doanh nghiệp FDI và doanh nghiệp Việt Nam 

Tiêu chí	Doanh nghiệp FDI	Doanh nghiệp Việt Nam
Chế độ kế toán	Theo chế độ kế toán áp dụng tại Việt Nam và quy định liên quan	Theo chế độ kế toán áp dụng cho doanh nghiệp
Giao dịch xuyên biên giới	Thường phát sinh nhiều hơn	Tùy mô hình
Giao dịch liên kết	Có thể phát sinh với công ty mẹ/bên liên kết nước ngoài	Có hoặc không
Báo cáo công ty mẹ	Có thể phát sinh	Thường không
Báo cáo đầu tư	Có thể áp dụng theo dự án đầu tư	Phụ thuộc hoạt động đầu tư
VAS/IFRS	Có thể phát sinh nhu cầu group reporting theo IFRS	Phụ thuộc yêu cầu của doanh nghiệp
Ngoại tệ	Thường xuyên phát sinh	Tùy hoạt động

Điểm khác biệt lớn nhất không nhất thiết nằm ở việc doanh nghiệp “FDI” phải sử dụng một hệ thống kế toán hoàn toàn khác, mà nằm ở số lượng các nghiệp vụ cần xử lý và các báo cáo dành riêng cho kế toán doanh nghiệp FDI. 

Chính những đặc thù này khiến kế toán doanh nghiệp FDI cần kiểm soát chặt hơn ở một số khâu trọng yếu. 

5 Lưu Ý Quan Trọng Cho Kế Toán Doanh Nghiệp FDI Để Tránh Rủi Ro 

Một hệ thống kế toán doanh nghiệp FDI hiệu quả không chỉ cần “đúng sổ”. Dữ liệu phải đúng bản chất, có chứng từ, nhất quán giữa các báo cáo và có thể giải trình khi cần. 

Dưới đây là 5 điểm kiểm soát quan trọng nhất.

1. Kiểm soát chặt chẽ giao dịch liên kết

Đây là một trong những nội dung kế toán doanh nghiệp FDI cần theo dõi ngay từ khi phát sinh giao dịch với công ty mẹ hoặc các bên có quan hệ liên kết, thay vì chỉ kiểm tra vào thời điểm lập báo cáo thuế cuối năm. 

Hiểu đơn giản, giao dịch liên kết là giao dịch phát sinh giữa doanh nghiệp và một bên có quan hệ liên kết theo quy định pháp luật về quản lý thuế. Quan hệ này thường xuất hiện khi một bên có khả năng trực tiếp hoặc gián tiếp kiểm soát, chi phối hoặc có ảnh hưởng đáng kể đến bên còn lại. 

Đối với doanh nghiệp FDI, trường hợp phổ biến nhất là giao dịch giữa công ty tại Việt Nam và công ty mẹ ở nước ngoài, nhưng không phải mọi giao dịch với công ty mẹ đều được xác định chỉ dựa trên tên gọi. Doanh nghiệp cần đối chiếu các tiêu chí về quan hệ liên kết theo quy định hiện hành để xác định chính xác. 

Giao dịch liên kết phát sinh khi nào? 

Giao dịch liên kết phát sinh khi doanh nghiệp thực hiện các giao dịch có liên quan về mua bán hàng hóa, cung cấp hoặc sử dụng dịch vụ, vay và cho vay, chuyển giao tài sản, công nghệ, quyền sử dụng tài sản vô hình hoặc các khoản phải thu, phải trả với bên có quan hệ liên kết. 

Một số giao dịch FDI thường gặp gồm: 

• Mua hàng hóa, nguyên vật liệu từ công ty mẹ hoặc công ty trong cùng tập đoàn. 

• Bán hàng hóa, thành phẩm hoặc cung cấp dịch vụ cho bên liên kết. 

• Thanh toán phí quản lý, phí dịch vụ tập đoàn hoặc phí hỗ trợ kỹ thuật. 

• Thanh toán royalty/phí bản quyền hoặc phí sử dụng tài sản vô hình. 

• Vay, cho vay và phát sinh chi phí lãi vay với bên liên kết. 

• Chuyển giao máy móc, tài sản, công nghệ hoặc tài sản vô hình. 

• Phát sinh các khoản phải thu, phải trả với công ty mẹ hoặc doanh nghiệp liên kết. 

Điểm quan trọng là giao dịch liên kết không chỉ được xem xét dựa trên việc doanh nghiệp có chuyển tiền cho công ty mẹ hay không. Kế toán cần xem xét đồng thời bản chất giao dịch, bên tham gia, giá trị giao dịch, điều kiện giao dịch và hồ sơ chứng minh.

XEM THÊM DỊCH VỤ KẾ TOÁN THUẾ TRỌN GÓI

2. Nộp đầy đủ và đúng thời hạn các báo cáo đầu tư

Một hiểu nhầm phổ biến là chỉ cần hoàn thành kê khai thuế thì doanh nghiệp FDI đã hoàn thành toàn bộ nghĩa vụ compliance. 

Thực tế, doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư có thể còn phải thực hiện chế độ báo cáo hoạt động đầu tư theo quy định pháp luật đầu tư. 

Theo Điều 47 Luật Đầu tư 2025, nhà đầu tư và tổ chức kinh tế thực hiện dự án đầu tư thuộc nhóm đối tượng thực hiện chế độ báo cáo; báo cáo định kỳ bao gồm các thông tin như vốn đầu tư thực hiện, kết quả hoạt động đầu tư kinh doanh, lao động, nộp ngân sách và một số chỉ tiêu khác theo quy định. 

Tham khảo chi tiết các báo cáo đầu tư và thời hạn kê khai tại bài viết: Các Loại Báo Cáo FDI Bắt Buộc Doanh Nghiệp Cần Nộp – Cập nhật 07.2026

3. Kê khai và nộp thuế đầy đủ, đúng hạn

Kiểm soát đầy đủ nghĩa vụ thuế 

Thuế là phần không thể tách rời khỏi hệ thống kế toán. Tuy nhiên, kế toán công ty FDI không nên tiếp cận theo cách “đến hạn thì lập tờ khai”, mà cần kiểm soát dữ liệu thuế ngay từ thời điểm ghi nhận giao dịch. 

Tùy hoạt động kinh doanh, doanh nghiệp FDI thường phải quản lý các nghĩa vụ thuế chính như: 

• Thuế giá trị gia tăng (VAT): phát sinh từ hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ và được theo dõi thông qua hóa đơn đầu ra, đầu vào. 

• Thuế thu nhập doanh nghiệp (CIT): được xác định trên cơ sở thu nhập chịu thuế và là một trong những nghĩa vụ quan trọng cần theo dõi trong suốt năm tài chính. 

• Thuế thu nhập cá nhân (PIT): liên quan đến tiền lương, tiền công và các khoản thu nhập khác mà doanh nghiệp có trách nhiệm khấu trừ, kê khai và nộp thay cho người lao động. 

• Thuế nhà thầu nước ngoài (FCT): có thể phát sinh khi doanh nghiệp Việt Nam thanh toán cho tổ chức, cá nhân nước ngoài đối với các khoản thuộc diện chịu thuế, chẳng hạn phí dịch vụ, bản quyền, lãi vay hoặc một số khoản thanh toán khác. 

• Các loại thuế, phí khác: tùy thuộc vào ngành nghề và hoạt động thực tế như thuế xuất nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt hoặc các nghĩa vụ tài chính liên quan. 

Nghĩa vụ kê khai không áp dụng theo một lịch duy nhất cho tất cả các loại thuế. Tùy từng sắc thuế và trường hợp cụ thể, doanh nghiệp có thể phải kê khai theo tháng, theo quý, theo năm, theo từng lần phát sinh hoặc thực hiện quyết toán thuế. Quy định về kỳ kê khai và hồ sơ thuế hiện được điều chỉnh bởi hệ thống quy định về quản lý thuế, trong đó có Nghị định 126/2020/NĐ-CP và các văn bản sửa đổi, hướng dẫn hiện hành. 

Để hiểu rõ hơn về các nghĩa vụ thuế mà doanh nghiệp cần tuân thủ tại Việt Nam, bạn có thể tham khảo Handbook do đội ngũ Vina TPT biên soạn, với các nội dung được tổng hợp dễ áp dụng cho doanh nghiệp FDI. 

TẢI VỀ HANDBOOK DÀNH CHO NHÀ ĐẦU TƯ NƯỚC NGOÀI

4. Kiểm soát chứng từ, tỷ giá và yêu cầu báo cáo của công ty mẹ

Kiểm soát chứng từ, tỷ giá và yêu cầu báo cáo của công ty mẹ 

Đối với doanh nghiệp FDI, nhiều giao dịch phát sinh với công ty mẹ hoặc đối tác nước ngoài nên hồ sơ kế toán có thể bao gồm cả chứng từ trong nước và chứng từ từ nước ngoài. Kế toán cần đảm bảo mỗi giao dịch đều có đầy đủ chứng từ để chứng minh giao dịch thực tế phát sinh và làm căn cứ ghi nhận kế toán, kê khai thuế. 

Trước khi ghi nhận giao dịch, cần kiểm tra sự thống nhất giữa hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, biên bản nghiệm thu hoặc chứng từ giao nhận và nội dung thực tế của giao dịch. Với các khoản phí dịch vụ, phí quản lý, phí bản quyền hoặc các khoản thanh toán cho công ty mẹ, cần đặc biệt chú ý đến hồ sơ chứng minh bản chất và nội dung của khoản chi để đảm bảo các chi phí hợp lệ theo quy định. 

Ngoài việc kiểm tra tính đầy đủ, kế toán cũng cần rà soát yêu cầu về hình thức, nội dung, ngôn ngữ và lưu trữ chứng từ theo quy định hiện hành. Việc chuẩn hóa hồ sơ ngay khi giao dịch phát sinh sẽ giúp doanh nghiệp thuận lợi hơn khi hạch toán, kê khai thuế, kiểm toán hoặc giải trình với cơ quan quản lý.

Kiểm soát ngoại tệ và ghi nhận tỷ giá

Giao dịch bằng ngoại tệ là hoạt động phổ biến ở doanh nghiệp FDI, đặc biệt với các khoản mua hàng, phí dịch vụ, khoản vay, công nợ hoặc thanh toán với công ty mẹ và đối tác nước ngoài. 

Kế toán cần xác định đúng tỷ giá áp dụng tại thời điểm ghi nhận giao dịch, đồng thời theo dõi riêng các khoản mục tiền tệ có gốc ngoại tệ để xử lý chênh lệch tỷ giá theo quy định kế toán hiện hành. 

Một điểm cần lưu ý là số tiền trên hợp đồng, hóa đơn, chứng từ ngân hàng và số liệu ghi nhận trên sổ kế toán phải có khả năng đối chiếu với nhau. Kế toán cũng nên duy trì cách xác định và áp dụng tỷ giá nhất quán, đồng thời lưu lại căn cứ sử dụng tỷ giá để thuận tiện cho việc kiểm tra sau này. 

Đặc biệt, cần phân biệt giữa cách ghi nhận chênh lệch tỷ giá trên sổ kế toán và cách xử lý khoản chênh lệch đó khi xác định nghĩa vụ thuế. Không nên mặc định rằng mọi khoản được ghi nhận vào chi phí kế toán đều được xử lý giống nhau khi tính thuế.

Đáp ứng yêu cầu báo cáo từ công ty mẹ

Doanh nghiệp FDI thường phải lập báo cáo theo quy định tại Việt Nam đồng thời cung cấp báo cáo quản trị và báo cáo theo yêu cầu của tập đoàn cho công ty mẹ. Trong khi đó, mẫu báo cáo, cách phân loại tài khoản và chính sách kế toán của tập đoàn có thể khác với hệ thống kế toán áp dụng tại Việt Nam. 

Vì vậy, kế toán cần đối chiếu và điều chỉnh số liệu giữa báo cáo lập theo quy định kế toán Việt Nam và báo cáo phục vụ công ty mẹ. Quá trình này có thể bao gồm việc đối chiếu tài khoản, phân loại lại một số khoản mục hoặc thực hiện các điều chỉnh theo chính sách kế toán của tập đoàn. 

Điều quan trọng là các khoản điều chỉnh phục vụ báo cáo cho công ty mẹ cần được theo dõi và giải thích riêng, tránh làm thay đổi hoặc nhầm lẫn với số liệu kế toán chính thức được lập để đáp ứng yêu cầu pháp lý tại Việt Nam. 

Doanh nghiệp nên thống nhất trước với công ty mẹ về mẫu báo cáo, thời hạn gửi, đơn vị tiền tệ, nguyên tắc kế toán và yêu cầu đối chiếu số liệu. Điều này giúp kế toán chủ động chuẩn bị dữ liệu, hạn chế sai lệch và tránh phải điều chỉnh số liệu vào cuối kỳ. 

Dịch vụ kế toán doanh nghiệp FDI của Vina TPT có thể hỗ trợ gì? 

Với doanh nghiệp FDI, giá trị của một đơn vị kế toán không chỉ nằm ở việc ghi nhận số liệu, lập báo cáo và nộp tờ khai đúng hạn, mà còn ở khả năng đồng hành cùng doanh nghiệp trong suốt quá trình hoạt động. Một đơn vị kế toán chuyên nghiệp cần chủ động tư vấn hướng xử lý đối với các vấn đề phát sinh, cảnh báo rủi ro kế toán – thuế, đồng thời hỗ trợ chuẩn bị hồ sơ và giải trình khi doanh nghiệp làm việc với cơ quan thuế hoặc cơ quan chức năng. Đặc biệt, với doanh nghiệp FDI có nhiều giao dịch xuyên biên giới và yêu cầu báo cáo từ công ty mẹ, kế toán cần có khả năng nhìn nhận vấn đề từ cả góc độ tuân thủ pháp luật Việt Nam và yêu cầu quản trị của tập đoàn. 

Vina TPT hỗ trợ kế toán doanh nghiệp FDI như thế nào? 

Để doanh nghiệp FDI có thể tập trung vào hoạt động kinh doanh thay vì phải tự xử lý toàn bộ công việc kế toán – thuế, Vina TPT cung cấp dịch vụ kế toán FDI theo mô hình đồng hành, từ ghi nhận giao dịch hằng tháng đến lập báo cáo, kê khai thuế và hỗ trợ doanh nghiệp xử lý các vấn đề phát sinh trong quá trình hoạt động. 

Các nghiệp vụ Vina TPT có thể hỗ trợ bao gồm: 

• Kế toán và ghi sổ: Tiếp nhận, kiểm tra và phân loại chứng từ; ghi nhận các nghiệp vụ kinh tế phát sinh; theo dõi ngân hàng, công nợ và các tài khoản kế toán theo quy định hiện hành tại Việt Nam. 

• Theo dõi doanh thu, chi phí và dòng tiền: Cung cấp các báo cáo định kỳ giúp nhà quản lý theo dõi tình hình doanh thu, chi phí, công nợ và dòng tiền, từ đó có cơ sở đưa ra quyết định trong quá trình vận hành doanh nghiệp. 

• Lập báo cáo tài chính: Lập báo cáo tài chính theo quy định kế toán Việt Nam; đồng thời hỗ trợ đối chiếu và điều chỉnh số liệu theo yêu cầu báo cáo của công ty mẹ hoặc tập đoàn khi cần thiết. 

• Kê khai và quản lý nghĩa vụ thuế: Hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện các nghĩa vụ thuế phù hợp với hoạt động thực tế, bao gồm thuế GTGT, thuế TNDN, thuế TNCN, thuế nhà thầu và các nghĩa vụ liên quan. Vina TPT đồng thời theo dõi thời hạn kê khai, nộp thuế và cảnh báo các vấn đề có thể phát sinh. 

• Quyết toán và báo cáo cuối năm: Chuẩn bị hồ sơ quyết toán thuế, báo cáo tài chính và các báo cáo định kỳ khác theo phạm vi dịch vụ. Khi phát sinh yêu cầu từ cơ quan quản lý, Vina TPT hỗ trợ doanh nghiệp chuẩn bị hồ sơ và giải trình các nội dung liên quan đến kế toán – thuế. 

• Báo cáo đầu tư: Hỗ trợ doanh nghiệp FDI lập và nộp báo cáo tình hình thực hiện dự án đầu tư định kỳ theo quy định hiện hành, theo dõi thời hạn và đảm bảo thông tin báo cáo đầy đủ, chính xác. 

• Tư vấn và cảnh báo rủi ro: Không chỉ xử lý số liệu đã phát sinh, đội ngũ kế toán còn hỗ trợ doanh nghiệp nhận diện các vấn đề về chứng từ, giao dịch liên kết, thanh toán xuyên biên giới, tỷ giá và nghĩa vụ thuế để có hướng xử lý phù hợp ngay từ đầu. 

Dịch vụ kế toán trọn gói của Vina TPT hướng đến việc xây dựng một hệ thống kế toán có thể đáp ứng đồng thời yêu cầu tuân thủ tại Việt Nam và nhu cầu báo cáo của công ty mẹ, giúp doanh nghiệp kiểm soát số liệu, chủ động trước các nghĩa vụ thuế và có cơ sở làm việc với cơ quan chức năng khi cần. 

Toàn bộ dịch vụ có thể được triển khai theo hình thức từ xa hoặc kết hợp trực tiếp, với quy trình phối hợp và báo cáo phù hợp với nhu cầu của từng doanh nghiệp FDI. 

Doanh nghiệp FDI cần thiết lập hoặc rà soát hệ thống kế toán, thuế và báo cáo tại Việt Nam? Liên hệ Vina TPT để được tư vấn giải pháp phù hợp, đảm bảo tuân thủ và hỗ trợ doanh nghiệp vận hành hiệu quả. 

ĐẶT LỊCH TƯ VẤN DỊCH VỤ MIỄN PHÍ