Bản tin tháng 11 năm 2025 làm nổi bật các cập nhật chính sách thuế quan trọng tại Việt Nam mà doanh nghiệp cần theo dõi chặt chẽ. Trọng tâm là các quy định quan trọng về thuế GTGT liên quan đến hoạt động xuất khẩu, cơ chế hoàn thuế GTGT, việc sử dụng hóa đơn trong thời gian cưỡng chế và các yêu cầu tuân thủ đối với doanh nghiệp chế xuất (EPE). Ngoài ra, bản tin cũng đề cập đến những thay đổi đáng chú ý về Thuế thu nhập cá nhân (TNCN), đặc biệt là chính sách về phụ cấp tiền ăn cho nhân viên, cũng như các quy định lao động điều chỉnh việc chi trả lương cho người lao động nước ngoài di chuyển nội bộ trong doanh nghiệp. Những diễn biến này có tác động đáng kể đến việc tuân thủ, vận hành và lập kế hoạch thuế của doanh nghiệp tại Việt Nam.
1. THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG (GTGT)
1.1. Số thuế GTGT chưa được hoàn do vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu sẽ được khấu trừ vào kỳ hoàn thuế tiếp theo
Công văn số 5489/ CT-CS ngày 25/11/2025 của Cục Thuế về chính sách thuế giá trị gia tăng:
Theo lưu ý của Cục Thuế, nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT là được thực hiện khấu trừ toàn bộ ( Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, khoản 1 Điều 23 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, khoản 4 Điều 24 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ).
Trong trường hợp doanh nghiệp vừa có hoạt động xuất khẩu, vừa có hoạt động tiêu thụ nội địa, cần phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào cho hoạt động xuất khẩu (khoản 1 Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, khoản 2 Điều 29 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP). Nếu không hạch toán riêng được, số thuế GTGT đầu vào cho hàng xuất khẩu sẽ được xác định theo tỷ lệ doanh thu xuất khẩu trên tổng doanh thu chịu thuế (Phụ lục II Thông tư số 69/2025/TT-BTC).
1.3. Liên quan đến việc sử dụng hóa đơn trong thời gian bị cưỡng chế
Theo Công văn số 5282/ CT-CS ngày 18/11/2025 của Cục Thuế lưu ý về điều kiện cho phép xuất hóa đơn trong thời gian bị cưỡng chế, Cục Thuế đã căn cứ quy định tại Điều 4, Điều 13 Nghị định 123/2020/NĐ-CP (sửa đổi tại khoản 3, khoản 10 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP) và Điều 34 Nghị định 126/2020/NĐ-CP để trả lời như sau:
- Trường hợp doanh nghiệp đang bị áp dụng biện pháp cưỡng chế ngừng sử dụng hóa đơn mà có văn bản đề nghị sử dụng hóa đơn và thuộc trường hợp cơ quan thuế cấp hóa đơn theo từng lần phát sinh thì được cấp hóa đơn có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh. Doanh nghiệp tự chịu trách nhiệm về tính chính xác của các thông tin trên hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh được cơ quan thuế cấp mã. Việc cấp và kê khai xác định nghĩa vụ thuế khi cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử có mã theo từng lần phát sinh được thực hiện theo quy định tại khoản 10 Điều 1 Nghị định số 70/2025/NĐ-CP nêu trên.
- Trường hợp doanh nghiệp đang bị áp dụng biện pháp cưỡng chế ngừng sử dụng hóa đơn mà có văn bản đề nghị sử dụng hóa đơn để có nguồn thanh toán tiền lương công nhân, thanh toán các khoản chi phí đảm bảo sản xuất kinh doanh được liên tục thì cơ quan thuế sẽ tiếp tục cho doanh nghiệp sử dụng hóa đơn theo từng lần phát sinh với điều kiện doanh nghiệp phải nộp ngay ít nhất 18% doanh thu trên hóa đơn được sử dụng vào ngân sách nhà nước theo quy định tại điểm d khoản 4 Điều 34 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP nêu trên.
1.4. Liên quan đến việc khai nộp thuế GTGT của doanh nghiệp chế xuất (DNCX)
Công văn số 3905/ HYE-QLDN3 ngày 31/10/2025 của Thuế tỉnh Hưng Yên hướng dẫn liên quan đến việc khai nộp thuế GTGT của doanh nghiệp chế xuất (DNCX) như sau:
1. Đối tượng nộp thuế GTGT:
- DNCX không phải là người nộp thuế GTGT đối với hoạt động sản xuất để xuất khẩu (hoạt động chế xuất) và không phải kê khai thuế GTGT cho hoạt động này.
- DNCX phải nộp thuế GTGT nếu thực hiện các hoạt động kinh doanh khác ngoài hoạt động chế xuất, ví dụ:
- Mua hàng từ nội địa để xuất khẩu (thực hiện quyền xuất khẩu).
- Nhập khẩu hàng để bán vào nội địa (thực hiện quyền nhập khẩu).
2. Điều kiện để kê khai và nộp thuế GTGT (đối với hoạt động kinh doanh khác ngoài hoạt động chế xuất):
- Hạch toán riêng: DNCX phải hạch toán riêng các giao dịch mua bán hàng hóa không thuộc hoạt động chế xuất (ví dụ: hoạt động xuất nhập khẩu).
- Đăng ký thuế: DNCX cần đăng ký thuế với cơ quan thuế nội địa để kê khai và nộp thuế GTGT riêng cho các hoạt động kinh doanh khác này.
- Bố trí khu vực riêng: Bố trí khu vực lưu giữ hàng hóa phục vụ hoạt động chế xuất phải bảo đảm ngăn cách với khu vực lưu giữ hàng hóa phục vụ các hoạt động sản xuất, kinh doanh khác.
3. Kỳ kê khai thuế GTGT:
- Kê khai theo tháng: Theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 8 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, DNCX thực hiện kê khai thuế GTGT theo tháng.
- Kê khai theo quý: Nếu DNCX đáp ứng tiêu chí quy định tại điểm a khoản 1 Điều 9 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP (tổng doanh thu bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống), DNCX được lựa chọn khai thuế GTGT theo quý.
4. Sử dụng hóa đơn:
- Nếu DNCX khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, sử dụng hóa đơn GTGT.
- Nếu DNCX khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, sử dụng hóa đơn bán hàng.
- Khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ vào nội địa và khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ giữa các tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan với nhau, xuất khẩu hàng hóa, cung cấp dịch vụ ra nước ngoài, trên hóa đơn ghi rõ “Dành cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan”.
Như vậy, DNCX chỉ phải kê khai và nộp thuế GTGT đối với các hoạt động kinh doanh khác ngoài hoạt động chế xuất (sản xuất hàng xuất khẩu). DNCX cần hạch toán riêng các hoạt động này và đăng ký thuế để thực hiện kê khai và nộp thuế GTGT theo quy định. Kỳ kê khai thuế có thể là tháng hoặc quý tùy thuộc vào doanh thu của năm trước liền kề.
2. THUẾ THU NHẬP CÁ NHÂN (TNCN)
2.1. Chính sách thuế TNCN đối với hạn mức chi tiền ăn trưa, ăn giữa ca
Công văn số 5106/CT-CS ngày 12/11/2025 của Cục Thuế về chính sách thuế thu nhập cá nhân, liên quan đến hạn mức chi tiền ăn trưa, ăn giữa ca làm căn cứ xác định thuế TNCN, Cục Thuế đã trích dẫn các quy định, hướng dẫn sau để tham khảo thực hiện:
Tại Điều 103 Bộ Luật lao động số 45/2019/QH14 quy định “Chế độ nâng lương, nâng bậc, phụ cấp, trợ cấp và các chế độ khuyến khích đối với người lao động được thỏa thuận trong hợp đồng lao động, thỏa ước lao động tập thể hoặc quy định của người sử dụng lao động”.
- Tại khoản 1 Điều 33, khoản 9 Điều 34 Nghị định số 44/2025/NĐ-CP về chế độ tiền lương, tiền thưởng trong doanh nghiệp nhà nước quy định: “Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 15/4/2025 và các chế độ tại Nghị định này được thực hiện từ ngày 1/1/2025”. “Chế độ ăn giữa ca hoặc ăn định lượng đối với người lao động, Ban điều hành, Thành viên Hội đồng, Kiểm soát viên được thực hiện theo thỏa thuận trong thỏa ước lao động tập thể hoặc nội quy, quy chế của doanh nghiệp theo quy định của Bộ luật Lao động”.
- Tại Điều 10 Nghị định số 248/2025/NĐ-CP về chế độ tiền lương, tiền thưởng trong doanh nghiệp nhà nước quy định: “Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 15/9/2025 và các chế độ tại Nghị định này được thực hiện từ ngày 1/8/2025. Bãi bỏ Nghị định số 44/2025/NĐ-CP” .
- Tại tiết g.5 khoản 2 Điều 2 Thông tư số 111/2013/TT-BTC quy định: “Trường hợp người sử dụng lao động không tổ chức bữa ăn giữa ca, ăn trưa mà chi tiền cho người lao động thì không tính vào thu nhập chịu thuế của cá nhân nếu mức chi phù hợp với hướng dẫn của Bộ Lao động – Thương binh và Xã hội. Trường hợp mức chi cao hơn mức hướng dẫn của Bộ Lao động – Thương binh và Xã hội thì phần chi vượt mức phải tính vào thu nhập chịu thuế của cá nhân. Mức chi cụ thể áp dụng đối với doanh nghiệp nhà nước… không quá mức hướng dẫn của Bộ Lao động – Thương binh và Xã hội. Đối với các doanh nghiệp ngoài Nhà nước… mức chi do thủ trưởng đơn vị thống nhất với chủ tịch công đoàn quyết định nhưng tối đa không vượt quá mức áp dụng đối với doanh nghiệp Nhà nước”.
Và theo công văn số 1387/CTL&BHXH-TLSXKD ngày 29/9/2025 của Bộ Nội vụ hướng dẫn: “Theo quy định tại Điều 103 Bộ Luật lao động thì các chế độ khuyến khích đối với người lao động được thỏa thuận trong hợp đồng lao động, thỏa ước lao động tập thể hoặc quy định của người sử dụng lao động. Chế độ ăn giữa ca đối với người lao động, Ban điều hành, Thành viên hội đồng, Kiểm soát viên trong doanh nghiệp nhà nước từ ngày 1/1/2025 đến 31/7/2025 được thực hiện theo quy định tại khoản 9 Điều 34 Nghị định số 44/2025/NĐ-CP về chế độ tiền lương, tiền thưởng trong doanh nghiệp nhà nước; từ ngày 1/8/2025 được thực hiện theo quy định của Bộ luật Lao động
Như vậy, hiện nay khoản chi tiền ăn ca 730.000 đồng/tháng đã bị bãi bỏ. Thay vào đó, doanh nghiệp được tự xác định mức chi hợp lý theo thỏa thuận trong thỏa ước lao động tập thể hoặc nội quy, quy chế của doanh nghiệp. Trường hợp Công ty phát sinh khoản chi tiền cho bữa ăn giữa ca cho người lao động làm việc tại Công ty, nếu khoản chỉ này được quy định cụ thể về điều kiện hưởng, mức hưởng trong hợp đồng lao động, thỏa ước lao động tập thể hoặc nội quy, quy chế của Công ty thì không tính vào thu nhập chịu thuế TNCN. Nếu mức chi tiền vượt quá quy định thì phần vượt sẽ tính vào thu nhập chịu thuế TNCN.
3. LAO ĐỘNG
Liên quan thanh toán tiền lương trong nước đối với người lao động nước ngoài di chuyển trong nội bộ doanh nghiệp
Công văn số 10861/BNV-CVL ngày 19/11/2025 của Bộ Nội vụ về việc thanh toán tiền lương trong nước đối với người lao động nước ngoài di chuyển trong nội bộ doanh nghiệp
- Bộ Nội vụ lưu ý rằng, trường hợp “người lao động nước ngoài được trả lương (tại Việt Nam)” thì trước ngày dự kiến làm việc, doanh nghiệp sử dụng người lao động nước ngoài phải đề nghị cấp giấy phép lao động và thực hiện ký kết hợp đồng lao động theo quy định (khoản 1 Điều 13, điểm đ khoản 1 Điều 21 của Bộ luật Lao động số 45/2019/QH14 và điểm a khoản 1 Điều 2, khoản 4 Điều 22 của Nghị định 219/2025/NĐ-CP ), đồng thời phải tham gia bảo hiểm xã hội bắt buộc tại Việt Nam cho người này theo quy định (điểm a khoản 2 Điều 2 Luật Bảo hiểm xã hội số 41/2024/QH15 ).
- Trường hợp “người lao động nước ngoài được trả lương tại Việt Nam” (thực hiện thủ tục đề nghị cấp giấy phép lao động) và trường hợp “người lao động nước ngoài di chuyển trong nội bộ doanh nghiệp” (thực hiện đề nghị cấp giấy xác nhận không thuộc diện cấp giấy phép lao động theo Điều 8 Nghị định 219/2025/NĐ-CP) là hai trường hợp khác nhau theo quy định của Bộ luật Lao động số 45/2019/QH14 và các văn bản hướng dẫn về người lao động nước ngoài làm việc tại Việt Nam