Hướng Dẫn Kê Khai Thuế GTGT Điều Chỉnh Tăng hoặc Giảm Theo Thông Tư 89/2026/TT-BTC (mới nhất)

Trong bối cảnh hệ thống pháp luật về thuế và quản lý thuế tại Việt Nam liên tục được cập nhật nhằm tăng cường tính minh bạch, đồng bộ và hiệu quả trong công tác quản lý, ngày 30/6/2026, Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 89/2026/TT-BTC. Thông tư này hướng dẫn thi hành một số nội dung của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ, đồng thời quy định các biện pháp tổ chức thực hiện nhằm bảo đảm việc áp dụng thống nhất các quy định mới trong thực tiễn.

1. Tổng quan về Thông tư 89/2026/TT-BTC và điểm mới trong kê khai thuế GTGT

Thông tư 89/2026/TT-BTC là văn bản quy phạm pháp luật do Bộ Tài chính ban hành, chính thức có hiệu lực từ ngày 01/07/2026 nhằm hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế và Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Thông tư này quy định chi tiết về thủ tục đăng ký thuế, khai thuế, nộp thuế, ấn định thuế cũng như quy trình xử lý các sai sót trong kê khai thuế GTGT.

Thông tư 89/2026/TT-BTC tập trung sửa đổi, bổ sung các vấn đề trọng tâm sau:

• Tinh chỉnh và chuẩn hóa hệ thống biểu mẫu kê khai thuế GTGT (Tờ khai 01/GTGT, Tờ khai 02/GTGT và các phụ lục kèm theo).
• Siết chặt cơ chế đối soát dữ liệu giữa hóa đơn điện tử và tờ khai thuế GTGT hàng kỳ.
• Quy định rõ ràng, chi tiết hơn về cơ chế kê khai bổ sung, điều chỉnh tăng/giảm số thuế GTGT đầu vào và đầu ra.
• Hướng dẫn cụ thể quy trình phân bổ nghĩa vụ thuế GTGT cho các chi nhánh, địa điểm kinh doanh khác tỉnh/thành phố.

Đối tượng bắt buộc áp dụng bao gồm:

• Các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp trực tiếp.
• Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh thực hiện kê khai thuế GTGT theo quy định.
• Cơ quan thuế và công chức thuế trực tiếp quản lý hồ sơ khai thuế.

2. Hướng dẫn kê khai thuế GTGT bổ sung, điều chỉnh khi có sai sót

Trong quá trình hoạt động, việc phát sinh sai sót trên tờ khai thuế GTGT là điều khó tránh khỏi. Nguyên tắc cốt lõi khi phát hiện sai sót theo Thông tư 89/2026/TT-BTC là “Sai đâu sửa đó”: Phát hiện sai sót ở kỳ tính thuế nào thì lập hồ sơ khai bổ sung cho kỳ tính thuế đó, đồng thời kết hợp điều chỉnh số liệu vào kỳ kê khai hiện tại theo đúng bản chất giao dịch.

2.1. Nguyên tắc kê khai bổ sung thuế GTGT cần nhớ

Khi thực hiện kê khai bổ sung, kế toán cần lưu ý các quy định pháp lý quan trọng sau:

Thời hạn kê khai bổ sung: Người nộp thuế được phép nộp hồ sơ khai bổ sung vào bất kỳ ngày nào nhưng phải trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Trích dẫn quy định pháp lý:

“Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.”

Phân biệt hậu quả pháp lý theo bản chất điều chỉnh:

• Điều chỉnh làm tăng/giảm số thuế phải nộp: Nếu điều chỉnh làm phát sinh tăng số thuế phải nộp, doanh nghiệp phải nộp đủ số tiền thuế tăng thêm cùng tiền chậm nộp. Nếu làm giảm số thuế phải nộp, doanh nghiệp được bù trừ vào kỳ sau hoặc hoàn thuế theo quy định.
• Điều chỉnh làm tăng/giảm số thuế còn được khấu trừ: Sai sót chỉ làm thay đổi số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì không làm phát sinh tiền chậm nộp. Số thuế chênh lệch này sẽ được điều chỉnh trực tiếp vào tờ khai của kỳ phát hiện sai sót.

2.2. Các trường hợp bắt buộc phải kê khai điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào

Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định rõ 04 trường hợp người nộp thuế bắt buộc phải thực hiện kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ:

Trường hợp 1 : Tự phát hiện sai sót hoặc nhận hóa đơn điều chỉnh/thay thế làm giảm tiền thuế

Doanh nghiệp tự rà soát và phát hiện đã kê khai khấu trừ cho các hóa đơn không đủ điều kiện (ví dụ: hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, hóa đơn phục vụ hoạt động không chịu thuế, kê khai trùng hóa đơn, hoặc ghi sai tiền thuế cao hơn thực tế).

Khi người mua nhận được hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế từ bên bán do giảm giá hàng bán, chiết khấu thương mại, hoặc trả lại hàng hóa làm giảm số thuế GTGT đầu vào.

Hướng dẫn kê khai điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào theo Thông tư 89

Khi phát hiện hóa đơn đầu vào bị kê khai sai hoặc bỏ sót, doanh nghiệp vẫn nên lập hồ sơ khai bổ sung (bản nháp) để đánh giá mức độ ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế GTGT:

• Trường hợp kết quả xác định việc điều chỉnh không làm thay đổi số thuế GTGT phải nộp hoặc số thuế GTGT được hoàn, mà chỉ ảnh hưởng đến số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau, doanh nghiệp không cần nộp hồ sơ khai bổ sung chính thức. Thay vào đó, có thể hủy bản nháp và thực hiện điều chỉnh trực tiếp trên tờ khai thuế GTGT của kỳ hiện tại. Cụ thể, ghi vào chỉ tiêu [37] nếu làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ.
• Trường hợp nếu kết quả xác định việc điều chỉnh làm thay đổi số thuế GTGT phải nộp thì doanh nghiệp cần kê khai bổ sung cho kỳ phát sinh.

TÌM HIỂU DỊCH VỤ KÊ KHAI THUẾ

Trường hợp 2: Mua hàng trả chậm, trả góp từ 05 triệu đồng trở lên

Đây là quy định mới nổi bật tại Thông tư 89. Khi mua hàng hóa, dịch vụ trả chậm/trả góp từ 5 triệu đồng trở lên đã khấu trừ VAT, đến hạn thanh toán theo hợp đồng nhưng chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, doanh nghiệp không khai bổ sung mà thực hiện kê khai trực tiếp trên Tờ khai 01/GTGT của kỳ đến hạn:

• Chưa thanh toán: Ghi giảm số thuế đã khấu trừ vào Chỉ tiêu [37]
• Thanh toán bổ sung ở kỳ sau: Khi hoàn tất chuyển khoản, doanh nghiệp được khấu trừ lại bằng cách ghi tăng vào Chỉ tiêu [38]

Ví dụ: Doanh nghiệp A mua lô hàng trị giá 22 triệu đồng (thuế GTGT 2 triệu) trả chậm 3 tháng. Khi hết thời hạn 3 tháng, Doanh nghiệp A chưa thanh toán qua ngân hàng cho bên bán. Doanh nghiệp A phải kê khai điều chỉnh giảm 2 triệu đồng thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ trước đó.

2.3. Hướng dẫn kê khai điều chỉnh tăng thuế GTGT đầu vào

Bên cạnh việc điều chỉnh giảm, trường hợp doanh nghiệp kê khai sót hoặc nhận hóa đơn điều chỉnh tăng thuế GTGT đầu vào cũng cần thực hiện đúng quy định.

Các trường hợp kê khai thuế GTGT đầu vào điều chỉnh tăng:

• Doanh nghiệp phát hiện hóa đơn đầu vào bị bỏ sót từ các kỳ trước

Theo quy định hiện hành, hóa đơn GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào thì phải được kê khai khấu trừ trong kỳ đó. Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp phát hiện hóa đơn bị bỏ sót sau thời điểm kê khai, vẫn được phép thực hiện kê khai bổ sung hoặc điều chỉnh theo quy định. Đối với các trường hợp việc điều chỉnh chỉ làm giảm số thuế GTGT phải nộp hoặc chỉ làm tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau, doanh nghiệp không phải nộp hồ sơ khai bổ sung mà có thể thực hiện điều chỉnh trực tiếp trên tờ khai thuế GTGT của kỳ phát hiện sai sót theo hướng dẫn hiện hành.

• Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm hoặc trả góp

Trường hợp doanh nghiệp đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ do đến thời hạn thanh toán theo hợp đồng nhưng chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định, thì khi bổ sung được chứng từ thanh toán hợp lệ ở kỳ tính thuế tiếp theo, doanh nghiệp được khôi phục quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Theo đó, doanh nghiệp không phải lập hồ sơ khai bổ sung cho kỳ đã điều chỉnh trước đây mà thực hiện kê khai tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ tại chỉ tiêu [38] trên tờ khai thuế GTGT của kỳ hiện tại. Việc kê khai theo cách này vừa bảo đảm tuân thủ quy định về điều kiện khấu trừ thuế GTGT, vừa giúp doanh nghiệp đơn giản hóa thủ tục kê khai và hạn chế phát sinh hồ sơ khai bổ sung.

3. Vina TPT – Giải pháp hỗ trợ doanh nghiệp FDI

Trong bối cảnh hệ thống pháp luật về thuế và kế toán tại Việt Nam liên tục được cập nhật, việc tự theo dõi và áp dụng đúng các quy định mới là thách thức không nhỏ đối với nhiều doanh nghiệp. Từ kê khai thuế GTGT, quyết toán thuế, lập báo cáo tài chính đến quản lý hóa đơn điện tử, chỉ một sai sót nhỏ cũng có thể làm phát sinh chi phí, ảnh hưởng đến quyền lợi về thuế và tiềm ẩn rủi ro trong quá trình thanh tra, kiểm tra.

Với hơn 20 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực kế toán, thuế và tư vấn doanh nghiệp, Vina TPT cung cấp giải pháp kế toán thuế trọn gói, giúp doanh nghiệp xây dựng hệ thống tuân thủ bài bản ngay từ đầu. Đội ngũ chuyên gia của chúng tôi không chỉ thực hiện kê khai và báo cáo định kỳ mà còn chủ động cập nhật các thay đổi của chính sách thuế, tư vấn phương án xử lý phù hợp cho từng tình huống phát sinh và đồng hành cùng doanh nghiệp trong suốt quá trình vận hành.

Liên hệ Vina TPT ngay hôm nay để nhận tư vấn miễn phí từ đội ngũ chuyên gia và lựa chọn giải pháp kế toán thuế phù hợp nhất cho doanh nghiệp của bạn.

ĐẶT LỊCH TƯ VẤN DỊCH VỤ MIỄN PHÍ

Cách tính thuế chuyển nhượng cổ phần đối với cá nhân là một trong những kiến thức pháp lý cốt lõi mà bất kỳ cổ đông nào cũng cần nắm vững trước khi thực hiện giao dịch chuyển giao quyền sở hữu trong công ty cổ phần. Việc hiểu đúng và áp dụng chính xác quy trình tính toán không chỉ giúp cá nhân chủ động kiểm soát nghĩa vụ tài chính mà còn ngăn ngừa tối đa các rủi ro pháp lý nguy hiểm. Trên thực tế, rất nhiều trường hợp do hiểu sai bản chất dòng tiền hoặc kê khai chậm trễ đã dẫn đến việc bị cơ quan Thuế xử phạt hành chính và truy thu tiền chậm nộp rất lớn. Do đó, tuân thủ nghiêm ngặt quy định hiện hành chính là giải pháp an toàn nhất để bảo vệ quyền lợi hợp pháp của cả bên chuyển nhượng và bên nhận chuyển nhượng.

Khi nào cá nhân phải nộp thuế chuyển nhượng cổ phần? 

Nghĩa vụ nộp thuế của cá nhân phát sinh ngay khi giao dịch chuyển nhượng cổ phần được xác lập chính thức, đánh dấu sự thay đổi về quyền sở hữu vốn trong doanh nghiệp. Để quản lý dòng thuế một cách minh bạch, pháp luật hiện hành đã phân định rất rõ ràng phạm vi áp dụng đối với từng loại hình doanh nghiệp:

• Thời điểm phát sinh nghĩa vụ: Thuế chuyển nhượng cổ phần được tính dựa trên thời điểm thực tế chuyển giao quyền sở hữu cổ phần theo hợp đồng chuyển nhượng , bất kể việc người chuyển nhượng đã nhận đủ tiền hay chưa nhận được tiền thanh toán từ đối tác.
• Phân biệt giữa Công ty Cổ phần (CTCP) và Công ty TNHH: Theo quy định của Luật Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN), hoạt động chuyển nhượng vốn trong công ty cổ phần (bao gồm cả đại chúng và chưa đại chúng) đều được phân loại và quản lý thống nhất dưới danh mục “chuyển nhượng chứng khoán”. Điều này hoàn toàn khác biệt với hoạt động “chuyển nhượng vốn góp” trong công ty TNHH – nơi tiền thuế chỉ phát sinh khi giao dịch có lãi (giá chuyển nhượng cao hơn giá vốn).

Bản chất của quy định áp mức thuế suất cố định 0.1% trên giá chuyển nhượng đối với cổ phần là một cơ chế kiểm soát chặt chẽ từ Nhà nước. Cơ chế này được thiết lập nhằm hạn chế triệt để tình trạng các bên cố tình khai lỗ ảo, hạ thấp giá trị giao dịch hoặc bắt tay nhau làm giả chứng từ mua bán nhằm mục đích trốn thuế, gây thất thu cho ngân sách quốc gia.

Công thức tính thuế chuyển nhượng cổ phần mới nhất 

Tại điểm b khoản 4 Điều 2 Thông tư 111/2013/TT-BTC (được sửa đổi bởi Điều 4 Thông tư 25/2018/TT-BTC) quy định về các khoản thu nhập chịu thuế TNCN như sau:

“4. Thu nhập từ chuyển nhượng vốn

Thu nhập từ chuyển nhượng vốn là khoản thu nhập cá nhân nhận được bao gồm:

…

b. Thu nhập từ chuyển nhượng chứng khoán, bao gồm: thu nhập từ chuyển nhượng cổ phiếu, quyền mua cổ phiếu, trái phiếu, tín phiếu, chứng chỉ quỹ và các loại chứng khoán khác theo quy định tại khoản 1 Điều 6 của Luật chứng khoán. Thu nhập từ chuyển nhượng cổ phiếu của các cá nhân trong công ty cổ phần theo quy định tại khoản 2 Điều 6 của Luật chứng khoán và Điều 120 của Luật doanh nghiệp.”

Ngoài ra, theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 11 Thông tư 111/2013/TT-BTC, được sửa đổi, bổ sung bởi Điều 16 Thông tư 92/2015/TT-BTC, thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng chứng khoán của cá nhân thuộc diện chịu thuế thu nhập cá nhân với mức thuế suất 0,1% tính trên giá chuyển nhượng của từng giao dịch.

Căn cứ quy định này, đối với hoạt động chuyển nhượng cổ phần, số thuế thu nhập cá nhân phải nộp được xác định dựa trên tổng giá trị chuyển nhượng của từng lần giao dịch, không phụ thuộc vào việc phát sinh lãi hay lỗ từ chênh lệch giữa giá bán và giá mua.

Do đó, ngay cả trong trường hợp cổ phần được chuyển nhượng bằng đúng giá vốn, cá nhân chuyển nhượng vẫn có nghĩa vụ nộp thuế thu nhập cá nhân với thuế suất 0,1% trên giá trị chuyển nhượng của giao dịch đó.

Ví dụ minh họa thực tế:

Giả sử Ông A sở hữu 10,000 cổ phần của Công ty Cổ phần X (mệnh giá 10,000 VND/cổ phần, tương đương giá vốn 100,000,000 VND). Do nhu cầu luân chuyển dòng vốn, Ông A quyết định chuyển nhượng toàn bộ số cổ phần này cho Bà B.

• Trường hợp 1 (Chuyển nhượng có lãi): Ông A bán với giá 15,000 VND/cổ phần. Tổng giá chuyển nhượng là 150,000,000 VND.

=> Thuế TNCN phải nộp = 150.000.000 x 0,1% = 150.000 VND

• Trường hợp 2 (Chuyển nhượng lỗ): Do thị trường khó khăn, Ông A chấp nhận bán cắt lỗ với giá 8,000 VND/cổ phần. Tổng giá chuyển nhượng là 80,000,000 VND. Mặc dù chịu lỗ 20,000,000 VND so với giá vốn ban đầu, Ông A vẫn phải thực hiện nghĩa vụ thuế:

=> Thuế TNCN phải nộp = 80.000.000 x 0,1% = 80.000 VND

Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế chuyển nhượng cổ phần 

Việc xác định chính xác thời hạn nộp hồ sơ quyết định trực tiếp đến tính hợp pháp của giao dịch và giúp cá nhân tránh được các khoản phạt chậm nộp không đáng có từ cơ quan Thuế. Theo quy định pháp luật quản lý thuế hiện hành, mốc thời gian kê khai và nộp thuế thu nhập cá nhân đối với hoạt động chuyển nhượng cổ phần được phân chia cụ thể theo từng phương thức giao dịch như sau:

• Trường hợp cá nhân tự kê khai thuế: Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế chậm nhất là ngày thứ 10 (mười) kể từ ngày hợp đồng chuyển nhượng cổ phần có hiệu lực pháp luật.
• Trường hợp doanh nghiệp nộp thay, khấu trừ thay: Nếu công ty cổ phần thực hiện thủ tục thay đổi danh sách cổ đông mà chưa có chứng từ chứng minh cá nhân chuyển nhượng đã hoàn thành nghĩa vụ thuế, thì doanh nghiệp phải có trách nhiệm khai thuế và nộp thuế thay cho cá nhân. Thời hạn nộp hồ sơ chậm nhất là trước khi làm thủ tục thay đổi thông tin cổ đông trên Sổ đăng ký cổ đông hoặc hệ thống quản lý của cơ quan Đăng ký kinh doanh.

Thời hạn nộp tiền thuế: Ngày cuối cùng của hạn nộp hồ sơ khai thuế cũng chính là hạn chót phải hoàn thành việc nộp tiền thuế vào Ngân sách Nhà nước.

>>>> Tham khảo các bài viết liên quan:

[Cách tính thuế Thu Nhập Cá Nhân năm 2026]

[Thuế TNCN 2026: Điểm mới đáng chú ý cho người lao động]

Dịch vụ tư vấn và kê khai thuế chuyển nhượng cổ phần của Vina TPT

Với kinh nghiệm đồng hành cùng nhiều doanh nghiệp trong các giao dịch chuyển nhượng vốn, Vina TPT cung cấp dịch vụ tư vấn và kê khai thuế trọn gói, hỗ trợ khách hàng từ việc xác định nghĩa vụ thuế đến hoàn thiện thủ tục kê khai theo quy định. Đội ngũ chuyên gia của chúng tôi sẽ giúp quá trình chuyển nhượng được thực hiện thuận lợi, tiết kiệm thời gian và đảm bảo tuân thủ các yêu cầu pháp lý hiện hành.

• Đảm bảo tuân thủ pháp luật: Rà soát tính hợp pháp của hợp đồng, chứng từ và cam kết tối ưu hóa số thuế phải nộp một cách hợp pháp.
• Tiết kiệm thời gian và chi phí: Thay mặt khách hàng hoàn thiện toàn bộ hệ thống tờ khai, nộp hồ sơ trực tiếp và làm việc với cơ quan Thuế chủ quản, hạn chế tối đa việc đi lại.
• Tránh rủi ro phạt hành chính: Theo dõi sát sao dòng thời gian giao dịch để nộp hồ sơ đúng hạn, bảo vệ an toàn tối đa cho dòng vốn của nhà đầu tư.

Hãy liên hệ với đội ngũ chuyên gia của chúng tôi hôm nay bằng cách nhấn vào nút bên dưới để được kiểm tra và review hồ sơ thuế hoàn toàn miễn phí.

ĐẶT LỊCH TƯ VẤN DỊCH VỤ MIỄN PHÍ

TỔNG KẾT

Tóm lại, khi tiến hành chuyển nhượng cổ phần, cá nhân bắt buộc phải ghi nhớ mức thuế suất 0.1% tính trên giá trị chuyển nhượng (không phân biệt giao dịch đó lãi hay lỗ). Điểm mấu chốt thứ hai chính là thời hạn nộp hồ sơ kê khai thuế: Trong vòng 10 ngày kể từ ngày hợp đồng chuyển nhượng cổ phần có hiệu lực (hoặc thời điểm hoàn tất thủ tục chuyển quyền sở hữu trên sổ đăng ký cổ đông), hồ sơ khai thuế phải được nộp lên cơ quan Thuế để tránh bị phạt chậm nộp. Việc chủ động nắm vững các cột mốc và quy tắc tính toán này chính là chìa khóa giúp cá nhân và doanh nghiệp vận hành một cách an toàn, minh bạch và bền vững.